خانه هنر مهاجرین با هدف توسعه تخصصی و کیفی فعالیت‌های هنری، کارگروه‌های متعددی در رشته‌های مختلف هنری تشکیل داد. این کارگروه‌ها بستری فراهم آوردند تا هنرمندان هر حوزه با تمرکز و همکاری در کنار هم، توانمندی‌ها و ظرفیت‌های خود را به بهترین شکل به‌کار گیرند و در جهت ارتقای سطح هنری و فنی خود و همکارانشان گام بردارند.

هر کارگروه به صورت تخصصی بر حوزه مربوطه متمرکز بوده و امکان تعامل و تبادل نظر میان هنرمندان فعال در همان رشته را فراهم می‌کرد. از جمله کارگروه‌های مهم خانه هنر مهاجرین می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
• کارگروه موسیقی
• کارگروه نقاشی
• کارگروه گرافیک و عکاسی
• کارگروه سینما و تئاتر
• کارگروه صنایع دستی
• کارگروه خوشنویسی

این ساختار گروهی باعث شد تا هنرمندان بتوانند در محیطی تخصصی و حمایتی، ضمن ارتقای دانش و مهارت‌های فنی خود، پروژه‌ها و برنامه‌های هنری مشترک را سازماندهی و اجرا نمایند. از این رو، کارگروه‌های هنری خانه هنر مهاجرین نقش مؤثری در رشد و پیشرفت فرهنگی و هنری جامعه مهاجر ایفا کردند و بستری مناسب برای شکوفایی استعدادهای هنری فراهم آوردند.